El 2 de julio de 2006 se realizó un referéndum nacional sobre autonomías departamentales como parte del proceso de descentralización política del Estado y como respuesta institucional a una aguda crisis política e intensa conflictividad social. La incorporación constitucional del referéndum, la Asamblea Constituyente y la iniciativa legislativa ciudadana como instituciones de democracia semi-directa, permitió procesar las demandas y conflictos sociales en el marco de la democracia representativa y encauzarlas a soluciones institucionales. Si bien la ley de convocatoria define el carácter nacional del referéndum, en varios artículos se establece que un régimen de autonomías departamentales será aplicable, inmediatamente después de la promulgación de la nueva Constitución, en aquellos Departamentos donde se aprobó la pregunta por simple mayoría de votos. A esta dualidad interpretativa respecto al carácter vinculante de los resultados "nivel nacional o nivel departamental "se suma otro debate respecto al carácter de las autonomías, puesto que el partido de gobierno, vencedor en el referéndum y en las elecciones para la Asamblea Constituyente, esgrime una propuesta que incluye otras modalidades de autonomía territorial "autonomías indígenas, regionales, provinciales, cantonales y comunales "contrapuestas, en algunos casos, a las autonomías departamentales. En suma, el referéndum sobre autonomías departamentales, lejos de resolver el problema, ha trasladado su solución a la Asamblea Constituyente poniendo en riesgo la legitimidad democrática de sus decisiones en la medida que la nueva Constitución debe responder a las demandas y propuestas de diversos actores políticos y sociales. Al margen de estos avatares, esta experiencia de participación ciudadana en el proceso decisional es un ejemplo del impacto positivo de una reforma institucional en el fortalecimiento de la legitimidad de la democracia y de la eficacia de las instituciones políticas.