Es una unidad independiente de la U.A.G.R.M., funciona desde 1996 y tiene como misión la difusión de la historia y la cultura departamental y nacional. los pilares que sustentan los museos en general y a este en particular son preservar, investigar, exponer y difundir. En función a ellos se crearon las reparticiones del museo para la preservación del patrimonio histórico, documental, arqueológico y pictórico, debidamente como exigen las autoridades nacionales de cultura. la investigación es una de las funciones más importantes del museo, y aunque los primeros años fue muy difícil realizarla, se organizaron ciclos de conferencias sobre historia cruceña. En 2003 se realizó el primer congreso sudamericano de historia que reunió a más de 170 investigadores de todas las nacionalidades para discutir temáticas de la investigación histórica. En 2007, se creó el centro de estudios cruceños para formar jóvenes investigadores y desarrollar una cultura de la investigación en ciencias sociales. En cuanto a las exposiciones, el museo exhibe muestras permanentes referidas a la historia y cultura local y muestras temporales sobre temáticas variadas. Para la difusión de la historia se realizan cursos, talleres, foros-debates y seminarios. En la década de los 80 del siglo XX, se desarrollo en Santa Cruz una conciencia de crear museos para la ciudad y el departamento. Hasta ese momento, sólo existía la Casa de la Cultura como único referente cultural de la región. Por ello, la universidad y otras instituciones culturales gestionaron que algunos muebles patrimoniales de la ciudad fueran convertidos en museos. En ese tiempo, la Casa de la Cultura obtuvo una vieja escuela para convertirla en el museo de arte (1991) el arzobispado de Santa Cruz cedió un espacio un espacio en la Catedral e implemento el Museo Catedralicio (1983) y la corporación de desarrollo de Santa Cruz (CORDECRUZ) creó el departamento de implementación de museostemáticos en cada región del departamento.